Ngày 1/9/2016, Chính phủ ban hành Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Thực tiễn sau 1 năm triển khai cho thấy Nghị định đã góp phần tăng sức cạnh tranh của nền kinh tế, thúc đẩy sản xuất phát triển, mở rộng thị trường xuất khẩu, góp phần tăng thu ngân sách nhà nước; góp phần thúc đẩy tiến trình cải cách hành chính, tạo môi trường thuận lợi cho hoạt động đầu tư và hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá, nâng cao hiệu quả của hoạt động hải quan và đảm bảo quản lý nhà nước về hải quan.

Thực tiễn sau 02 năm triển khai NĐ số 134 cho thấy Nghị định đã góp phần tăng sức cạnh tranh của nền kinh tế, thúc đẩy sản xuất phát triển, mở rộng thị trường xuất khẩu, góp phần tăng thu ngân sách nhà nước; góp phần thúc đẩy tiến trình cải cách hành chính, tạo môi trường thuận lợi cho hoạt động đầu tư và hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá, nâng cao hiệu quả của hoạt động hải quan và đảm bảo quản lý nhà nước về hải quan. Cơ chế quản lý thuế được thực hiện theo phương thức mới, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, tạo cơ chế chủ động, đơn giản hoá thủ tục trong việc quản lý thu nộp, miễn, giảm, hoàn thuế.
Theo số liệu của Tổng cục Hải quan, năm 2017, tổng giá trị xuất nhập khẩu hàng hóa đạt 425 tỷ USD, tăng 21% so với cùng kỳ 2017. Trong đó tổng trị giá xuất khẩu đạt 214 tỷ USD, tăng 21,2% và tổng trị giá nhập khẩu đạt 211 tỷ USD, tăng 20,8% so với cùng kỳ năm 2017. Tổng số thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2017 là 296.583 tỷ đồng tăng 9,5% so với năm 2016.[1]
Các nội dung quy định chi tiết về đối tượng chịu thuế, việc áp dụng thuế suất, các trường hợp miễn, giảm, hoàn thuế căn cứ theo quy định của Luật thuế số 107 đã tháo gỡ khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu, góp phần tạo thuận lợi trong công tác quản lý của cơ quan hải quan. Việc áp dụng quản lý rủi ro trong công tác quản lý thuế đã nâng cao quyền, trách nhiệm của người nộp thuế. Tổng số thuế nợ đối với hoạt động hoạt động xuất nhập khẩu tính đến tháng 12 năm 2017 là 5.295 tỷ đồng, giảm 183 tỷ đồng so với tháng 12 năm 2016.
Các quy định về hồ sơ, thủ tục miễn, giảm, hoàn thuế tại NĐ số 134 được quy định theo tinh thần cải cách thủ tục hành chính của Nghị quyết 19/NQ-CP năm 2016 của Chính phủ về cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia. Qua đó góp phần tạo môi trường thuận lợi cho đầu tư, hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, nâng cao hiệu quả hoạt động hải quan và bảo đảm yêu cầu quản lý hải quan trong thời gian qua, góp phần tạo thuận lợi cho người nộp thuế và hoạt động của doanh nghiệp.
Tuy nhiên, bên cạnh các kết quả tích cực đạt được nêu trên, việc triển khai thực hiện Nghị định số 134/2016/NĐ-CP cũng đã phát sinh, bộc lộ một số bất cập, vướng mắc về chính sách ưu đãi miễn, giảm, hoàn cũng như các thủ tục miễn và hoàn thuế, không thu thuế cần được sửa đổi, bổ sung.
 2.  Một số hạn chế và đề xuất phương hướng hoàn thiện trong quy định về các chính sách ưu đãi miễn thuế
2.1. Về chính sách thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ tại các Điều 3, Điều 10, Điều 12 và Điều 36 NĐ 134
Căn cứ thẩm quyền được giao tại Luật, tại NĐ 134 đã quy định cụ thể về đối tượng chịu thuế tại Điều 2 (hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ quy định tại khoản 3 Điều 2 Luật thuế số 107 thực hiện theo quy định tại NĐ số 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết và biện pháp thi hành luật hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan^[2]). Miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công sản phẩm XK, sản phẩm gia công xuất khẩu tại Điều 10. Miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu tại Điều 12.
Vướng mắc phát sinh: Do cả Luật thuế 107 và NĐ 134 đều không có quy định cụ thể về việc áp dụng thuế suất, ưu đãi miễn thuế và hoàn thuế đối với hàng hóa XNK tại chỗ nên từ ngày 1/9/2016 đến nay đã phát sinh vướng mắc trong việc áp dụng chính sách thuế đối với hàng hóa XK, NK tại chỗ như sau:
1.1 Về việc áp dụng thuế suất đối với hàng hóa NK tại chỗ tại Điều 3 NĐ 134:
Tại khoản 3 Điều 2 NĐ 134 quy định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ theo quy định tại Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 của Chính phủ thuộc đối tượng chịu thuế và tại khoản 1 Điều 3 NĐ 134 quy định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu áp dụng thuế suất theo quy định tại Điều 5,6,7 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 (gọi tắt là luật 107). Tuy nhiên, tại Điều 5 Luật 107 quy định chung thuế suất thuế xuất khẩu áp dụng đối với các mặt hàng quy định cụ thể tại Biểu thuế xuất khẩu) và 03 loại thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi MFN (áp dụng đối với hàng hoá có xuất xứ từ nước có đối xử tối huệ quốc với Việt Nam và từ khu phi thuế quan), ưu đãi đặc biệt FTA(áp dụng đối với hàng hoá có xuất xứ từ nước có thoả thuận đặc biệt về thuế nhập khẩu với Việt Nam và từ khu phi thuế quan) và thông thường  (áp dụng đối với hàng hoá không thuộc các trường hợp thuế suất MFN và FTA). Như vậy, quy định tại NĐ 134 và Luật 107 đều chưa rõ hàng hoá nhập khẩu tại chỗ áp dụng theo loại thuế suất thuế nhập khẩu nào.
Trong giai đoạn trước ngày 01/9/2016, theo quy định của pháp luật thương mại về cấp giấy chứng nhận xuất xứ và quy định tại các Thông tư về biểu thuế ưu đãi đặc biệt, hàng hóa Việt Nam nhập khẩu tại chỗ có C/O ưu đãi đặc biệt do Bộ Công Thương cấp thì được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt. Trong giai đoạn từ 1/9/2016 đến 3/8/2018, đối với hàng hoá nhập khẩu tại chỗ được Bộ Công Thương cấp giấy chứng nhận xuất xứ nhưng không nhập khẩu từ khu phi thuế quan  thì không đủ điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt. Từ ngày 3/8/2018 trở đi, hàng hoá nhập khẩu tại chỗ không được cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam cấp giấy chứng nhận xuất xứ theo quy định của Nghị định số 31/2018/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết luật quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hoá vì vậy, không đủ điều kiện được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Sau ngày 1/9/2016, Bộ Tài chính đã có công văn số 4731/TCHQ-TXNK ngày 14/7/2017 hướng dẫn về thuế suất đối với hàng hoá nhập khẩu tại chỗ không có C/O ưu đãi đặc biệt được hưởng thuế suất nhập khẩu ưu đãi.  Đồng thời, ngày 29/01/2018, Bộ Tài chính có công văn số 1198/BTC-TCHQ gửi TTgCP đề xuất truy thu thuế theo mức thuế suất MFN đối với các tờ khai hàng hoá nhập khẩu tại chỗ đăng ký từ ngày 01/9/2016 đã được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt nhưng chưa đủ điều kiện để áp dụng (không nhập khẩu từ khu phi thuế quan). Ngày 10/4/2018, Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 3263/VPCP-KTTH thông báo ý kiến của Phó TTgCP Vương Đình Huệ đề nghị Bộ Tài chính thực hiện theo đúng quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 từ ngày 1/9/2016 trở đi. Trường hợp phát sinh vướng mắc, Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung cho phù hợp.
Trong quá trình xây dựng dự thảo NĐ sửa đổi NĐ 134, có nhiều ý kiến khác nhau về việc áp dụng thuế suất đối với hàng hóa NK tại chỗ. Có ý kiến đề nghị áp dụng mức thuế suất FTA đối với hàng hóa nhập khẩu tại chỗ vì hàng hoá nhập khẩu tại chỗ được sản xuất tại Việt Nam là nước thành viên trong nội khối ASEAN nên cũng phải được hưởng ưu đãi thuế suất như hàng hoá nhập khẩu từ các nước ASEAN khác; có ý kiến đề nghị áp dụng mức thuế suất MFN đối với hàng hóa nhập khẩu tại chỗ vì hàng hoá nhập khẩu tại chỗ sản xuất tại Việt Nam không đáp ứng đủ 04 điều kiện để được hưởng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt (không có giấy chứng nhận xuất xứ, không được nhập khẩu từ khu phi thuế quan); có ý kiến đề nghị áp dụng mức thuế suất thông thường căn cứ quy định tại điểm c khoản 3 Điều 5 Luật 107.
Theo quy định của Chính phủ, hàng hoá nhập khẩu được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt phải đáp ứng đủ 4 điều kiện gồm thuộc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi; Được nhập khẩu vào Việt Nam từ nước thành viên của Hiệp định; Được vận chuyển trực tiếp từ nước xuất khẩu đến Việt Nam (đối với Việt Nam phải là hàng hoá từ khu phi thuế quan nhập khẩu vào thị trường trong nước); có giấy chứng nhận xuất xứ.  Theo quy định của pháp luật về quản lý ngoại thương, hàng hoá nhập khẩu tại chỗ không phải từ khu phi thuế quan nhập khẩu vào thị trường trong nước thì không được cấp giấy chứng nhận xuất xứ vì vậy, không đủ điều kiện để được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định của Chính phủ. Theo quy định của Luật 107, mức thuế suất thuế nhập khẩu thông thường bằng 150% mức thuế suất ưu đãi và theo thống kê hàng hoá nhập khẩu vào Việt Nam hiện nay cơ bản đều áp dụng mức thuế suất MFN và FTA, kim ngạch nhập khẩu phải áp dụng mức thuế suất thông thường rất ít (năm 2017, tỷ trọng KNNK áp dụng thuế suất thông thường chỉ chiếm 0,04% và 9 tháng 2018 là 0,07%). Nếu thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 5 Luật 107 thì hàng hoá nhập khẩu tại chỗ phải áp dụng theo mức thuế suất thông thường nên quy định này đang không khuyến khích sử dụng hàng hoá sản xuất trong nước và kém ưu đãi so với hàng hoá nhập khẩu cùng chủng loại. Theo đó, cần thiết phải  sửa đổi Điều 5 Luật 107 để sửa đổi quy định về thuế suất thuế nhập khẩu áp dụng đối với hàng hoá nhập khẩu tại chỗ để khuyến khích loại hình thương mại này. Trong khi chưa sửa đổi Luật 107, Bộ Tài chính trình Chính phủ cho phép bổ sung nội dung quy định về việc áp dụng thuế suất nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu tại chỗ để kịp thời giải quyết kiến nghị của doanh nghiệp trên cơ sở vận dụng cách hiểu tại điểm a khoản 3 Điều 5 Luật 107 như sau:
Hàng hoá nhập khẩu tại chỗ được sản xuất tại Việt Nam (thành viên của WTO) có xuất xứ từ nước có quan hệ đối xử tối huệ quốc trong quan hệ thương mại với Việt Nam nên được hiểu là hàng hoá nhập khẩu có xuất xứ từ nước có quan hệ đối xử  với Việt Nam, phù hợp để được áp dụng mức thuế suất nhập khẩu MFN theo quy định tại Điều 5 Luật 107. Theo đó, trong thời gian tới, Chính phủ cần phải xem xét quy định áp dụng mức thuế suất MFN đối với hàng hoá nhập khẩu tại chỗ
1.2 Về cơ sở xác định miễn thuế đối với NL, VT, LK nhập khẩu để gia công, sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ tại Điều 10 và Điều 12
Chính sách miễn thuế đối với NL, VT, LK nhập khẩu để gia công, sản xuất sản phẩm xuất khẩu, sản phẩm gia công xuất khẩu tại khoản 6,7 Luật thuế số 107 và Điều 10, Điều 12  NĐ 134 được quy định chung cho hàng hoá XK (không quy định cụ thể sản phẩm xuất khẩu tại chỗ). Vì vậy, đã phát sinh vướng mắc trong quá trình thực hiện như sau: Có ý kiến cho rằng NL, VT, LK nhập khẩu để gia công, sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ không được miễn thuế nhập khẩu, sản phẩm gia công XK tại chỗ không được miễn thuế XK theo quy định tại Điều 10 và Điều 12 do sản phẩm gia công, sản phẩm sản xuất ra chưa được xuất khẩu ra khỏi Việt Nam nên cần phải truy thu thuế NK đã miễn đối với NL, VT, LK đã sử dụng để gia công, sản xuất sản phẩm XK tại chỗ từ ngày 1/9/2016 trở đi. Ý kiến này đang gặp sự phản ứng mạnh mẽ từ cộng đồng doanh nghiệp.
Có ý kiến cho rằng hàng hoá XNK tại chỗ là đối tượng chịu thuế XNK theo quy định tại Điều 2 Luật thuế số 107, phải làm thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ theo quy định tại Điều 35 NĐ số 08/2015/NĐ-CP và phải thực hiện theo quy định hiện hành về quản lý XNK theo quy định của pháp luật ngoại thương, phải nộp các loại thuế  cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật thuế nên hàng hóa XNK tại chỗ được coi là hàng hóa XNK và được áp dụng chính sách ưu đãi miễn thuế theo quy định tại khoản 6,7 Điều 16 Luật thuế số 107 và Điều 10, Điều 12 NĐ 134. Theo đó, NL, VT, LK nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ, sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ cũng được miễn thuế nhập khẩu tương tự như trường hợp sản phẩm gia công sản phẩm xuất khẩu ra nước ngoài hoặc khu phi thuế quan.
Vì vậy, để tránh tiếp tục phát sinh vướng mắc và bảo đảm cơ sở pháp lý trong thực hiện, căn cứ quy định tại khoản 6,7 Luật thuế số 107, Điều 35 NĐ 08/2015/NĐ-CP, việc quy định thuế suất đối với NL, VT, LK nhập khẩu để gia công, sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ tại Điều 10 và Điều 12 được hoàn thiện theo hướng:
+ Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ được miễn thuế nhập khẩu nếu người xuất khẩu tại chỗ thực hiện thông báo cho cơ quan hải quan thông tin về tờ khai hải quan sản phẩm nhập khẩu tại chỗ tương ứng đã hoàn thành thủ tục nhập khẩu trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan hàng hoá xuất khẩu tại chỗ theo mẫu số 25 Phụ lục VII Nghị định này. Quá thời hạn nêu trên, nếu người xuất khẩu tại chỗ không thông báo cho cơ quan hải quan thông tin về tờ khai hải quan sản phẩm nhập khẩu tại chỗ tương ứng thì người xuất khẩu tại chỗ phải đăng ký tờ khai hải quan mới kê khai, nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện đã sử dụng để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ theo mức thuế suất và trị giá tính thuế của nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu quy định tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới.
Trường hợp người xuất khẩu tại chỗ đã nộp thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện sử dụng để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ mà có thông tin về người nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục nhập khẩu tại chỗ và thực hiện thông báo cho cơ quan hải quan theo mẫu số 25 Phụ lục VII Nghị định này thì người xuất khẩu tại chỗ được xử lý số tiền thuế đã nộp theo quy định của pháp luật quản lý thuế về xử lý tiền nộp thừa.
+ Sản phẩm gia công xuất khẩu tại chỗ được miễn thuế xuất khẩu. Trường hợp sản phẩm gia công xuất khẩu tại chỗ được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư trong nước có thuế xuất khẩu thì  không được miễn thuế đối với phần trị giá nguyên liệu, vật tư trong nước tương ứng cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu tại chỗ.
+ Sản phẩm nhập khẩu tại chỗ: người nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ theo loại hình nhập gia công xuất khẩu và đáp ứng quy định tại điểm a, b khoản này thì được miễn thuế nhập khẩu đối với sản phẩm gia công nhập khẩu tại chỗ. Trường hợp người nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ theo loại hình nhập sản xuất xuất khẩu hoặc nhập kinh doanh thì phải kê khai nộp thuế theo mức thuế suất và trị giá tính thuế của sản phẩm nhập khẩu tại chỗ tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ. Trường hợp người nhập khẩu tại chỗ đã nộp thuế nhập khẩu đối với sản phẩm nhập khẩu tại chỗ và đưa sản phẩm nhập khẩu tại chỗ vào sản xuất hàng xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm thì được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp theo quy định tại Điều 36 Nghị định này.
- Khoản 2 Điều 12 về Cơ sở để xác định hàng hóa được miễn thuế được hoàn thiện theo hướng:
+ Người nộp thuế thực hiện thông báo về cơ sở sản xuất, máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất của người nộp thuế cho cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật hải quan và hợp đồng mua bán để xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài.
+ Sửa đổi quy định về miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ được miễn thuế nhập khẩu tương tự như Điều 10.
+ Sản phẩm sản xuất tại Việt Nam được giao cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, người nộp thuế (người xuất khẩu tại chỗ) thực hiện đăng ký tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ đối với sản phẩm và kê khai nộp thuế xuất khẩu theo mức thuế suất, trị giá của sản phẩm xuất khẩu tại chỗ tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ.
+ Sửa đổi quy định về miễn thuế sản phẩm nhập khẩu tại chỗ đối với loại hình nhập khẩu để gia công xuất khẩu và nộp thuế đối với loại hình nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu và nhập khẩu kinh doanh tương tự như Điều 10.
Theo nội dung sửa đổi nêu trên thì NL,VT, LK (sản phẩm) nhập khẩu tại chỗ để sản xuất xuất khẩu đều phải nộp thuế trước và khi nào mở tờ khai xuất khẩu ra nước ngoài hoặc khu phi thuế quan thì mới được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp. Với quan điểm hàng hoá xuất khẩu tại chỗ, nhập khẩu tại chỗ được coi là hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thì quy định này không phù hợp với quy định tại khoản 7 Điều 16 của Luật 107, chưa tạo sự bình đẳng giữa loại hình gia công xuất khẩu và sản xuất xuất khẩu nhưng sẽ bảo đảm quản lý chặt được việc xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đối với loại hình sản xuất xuất khẩu để chính sách miễn thuế nhập khẩu đúng đối tượng (thay bằng DN được miễn thuế ngay khi nhập khẩu thì sẽ được hoàn thuế khi XK sản phẩm). Với quy định này thì DN sẽ phải có tiền nộp thuế ngay và sẽ phải thực hiện thủ tục hoàn thuế nên khả năng sẽ gặp phản ứng của doanh nghiệp.
2.2. Về định mức miễn thuế đối với quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho cơ quan, tổ chức Việt Nam được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động theo pháp luật về ngân sách; quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện tại Điều 8 (điểm b khoản 2).
- Khoản 2 Điều 8 NĐ 134 quy định Định mức miễn thuế đối với: Quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho cơ quan, tổ chức Việt Nam được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động theo pháp luật về ngân sách; quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện có trị giá hải quan không vượt quá 30 triệu đồng được miễn thuế không quá 04lần/năm. Trường hợp vượt định mức miễn thuế của cơ quan, tổ chức được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động, Bộ Tài chính quyết định miễn thuế đối với từng trường hợp.
- Với quy định nêu trên đã phát sinh vướng mắc trong quá trình thực hiện do tại NĐ 134 chỉ giao thẩm quyền cho Bộ Tài chính quyết định miễn thuế trong trường hợp vượt định mức miễn thuế của cơ quan, tổ chức được ngân sách nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động nên chưa rõ, ai là người quyết định miễn thuế vượt định mức trong trường hợp quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện?
Luật thuế XNK số 107/2016/QH13 quy định miễn thuế toàn bộ đối với quà biếu, quà tặng của đơn vị nhận là cơ quan, tổ chức được ngân sách nhà nước bảo đảm kinh phí hoạt động và được cơ quan có thẩm quyền cho phép tiếp nhận hoặc trường hợp vì mục đích nhân đạo. Vì vậy, việc quy định định mức thuế đối với 02 trường hợp này và giao thẩm quyền cho Bộ Tài chính quyết định miễn thuế vượt định mức như quy định tại điểm b khoản 2 Điều 8 NĐ 134 là không cần thiết.
Do vậy, để nội dung quy định miễn thuế đối với quà biếu, quà tặng phù hợp với quy định tại khoản 2 Điều 16 Luật thuế số 107 và giảm thủ tục hành chính trong việc xem xét miễn thuế, cần xem xét sửa đổi lại cho phù hợp. Cụ thể:
Đối với quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho cơ quan, tổ chức Việt Nam được ngân sách nhà nước bảo đảm kinh phí hoạt động theo pháp luật về ngân sách và được cơ quan có thẩm quyền cho phép tiếp nhận hoặc quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện là toàn bộ giá trị của quà biếu, quà tặng và không quá 04 lần/năm.  
2.3. Về cơ sở xác định miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu quy định tại khoản 2 Điều 10 NĐ 134
a) Về quy định thông báo cơ sở gia công lại và hợp đồng gia công lại tại điểm b khoản 2 Điều 10:
Tại Điều 10 NĐ 134 quy định miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu trong đó, tại điểm b khoản 2 Điều 10 có quy định cơ sở để xác định hàng hoá được miễn thuế như sau: Người nộp thuế hoặc tổ chức, cá nhân nhận gia công lại cho người nộp thuế có cơ sở gia công, sản xuất hàng hoá và thực hiện thông báo cơ sở gia công và hợp đồng gia công cho cơ quan hải quan.
Với quy định nêu trên, người nộp thuế không phải thông báo cơ sở gia công của người nhận gia công lại và hợp đồng gia công lại cho cơ quan hải quan nên cơ quan hải quan gặp khó khăn trong công tác quản lý đối với loại hình này và không bảo đảm chính sách ưu đãi miễn thuế đúng đối tượng. Thực tế đã phát sinh gian lận, doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu kê khai theo loại hình gia công xuất khẩu để được miễn thuế nhưng không gia công mà bán nguyên liệu cho tổ chức, cá nhân khác đồng thời mua sản phẩm thành phẩm để quyết toán với cơ quan hải quan (Doanh nghiệp ký 02 hợp đồng: một hợp đồng mua bán thực tế và một hợp đồng gia công chỉ để làm chứng từ nộp cho cơ quan hải quan).
b) Về cơ sở xác định miễn thuế trong trường hợp người nộp thuế đi thuê gia công lại một vài công đoạn tại nước ngoài hoặc khu phi thuế quan tại điểm b khoản 2 Điều 10:
Trong thực tế thực hiện hợp đồng gia công sản phẩm xuất khẩu, bên nhận gia công có thể thuê gia công một vài công đoạn tại nước ngoài hoặc tại khu phi thuế quan, sau đó nhập khẩu sản phẩm thuê gia công trở lại thị trường trong nước để tiếp tục gia công sản phẩm hoàn chỉnh để xuất khẩu cho bên đặt gia công. Hàng hoá nhập khẩu và xuất khẩu rồi nhập khẩu trở lại vẫn đang trong quy trình thực hiện hợp đồng gia công nhưng tại NĐ 134 chưa có quy định cụ thể về cơ sở để xác định miễn thuế theo quy trình nhập khẩu, xuất khẩu như nêu trên nên đã phát sinh vướng mắc trong thực hiện. Tại Chỉ thị số 25/CT-TTg giao Bộ Tài chính xem xét đề xuất sửa đổi theo hướng miễn thuế nhập khẩu đối với phần nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu được cơ sở sản xuất đưa đi gia công tại cơ sở khác trên cơ sở bình đẳng giữa loại hình sản xuất hàng xuất khẩu và loại hình gia công.
Theo đó, để bao quát được thực tế nêu trên, căn cứ quy định về việc kê khai tính thuế đối với sản phẩm đặt gia công ở nước ngoài nhập khẩu trở lại Việt Nam quy định tại điểm d khoản 1 Điều 11 NĐ 134^[3]và quy định kê khai tính thuế đối với sản phẩm được sản xuất, lắp ráp tại khu phi thuế quan có sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài nhập khẩu vào nội địa Việt Nam tại khoản 2 Điều 22 NĐ 134^[4], cần xem xét bổ sung điểm b khoản 2 Điều 10 như sau:
Trường hợp người nộp thuế xuất khẩu ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan một phần hoặc toàn bộ NL, VT, LK đã nhập khẩu hoặc bán thành phẩm được sản xuất từ NL, VT, LK nhập khẩu để thuê gia công một hoặc một số công đoạn của sản phẩm sau đó nhập khẩu sản phẩm thuê gia công trở lại Việt Nam để tiếp tục gia công sản phẩm xuất khẩu thì người nộp thuế được miễn thuế xuất khẩu đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm xuất khẩu để thuê gia công. Sản phẩm thuê gia công tại nước ngoài nhập khẩu trở lại Việt Nam phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 11 Nghị định này. Sản phẩm thuê gia công tại khu phi thuế quan nhập khẩu vào thị trường trong nước phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định tại Điều 22 Nghị định này. 
c) Về cơ sở xác định miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu được sử dụng để gia công sản phẩm đã xuất khẩu tại điểm c khoản 2 Điều 10:
 - Đối với NVL nhập khẩu đã được miễn thuế theo mục đích gia công sản phẩm xuất khẩu nhưng sau khi gia công sản phẩm không xuất khẩu: Theo quy định tại NĐ 59/2018/NĐ-CP thì hàng hoá nhập khẩu để gia công được miễn thuế nhưng thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa phải đăng ký tờ khai mới và thực hiện chính sách thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai mới. Theo đó, đối với hàng hoá nhập khẩu đã sử dụng để gia công sản phẩm không xuất khẩu được xác định là thay đổi mục đích sử dụng nên phải thực hiện kê khai nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới.
Vì vậy, để minh bạch về chính sách ưu đãi thuế đối với NVL nhập khẩu dư thừa, phế liệu, phế phẩm phải xuất khẩu trả lại cho bên đặt gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu tại chỗ để thực hiện gia công chuyển tiếp và thực hiện hợp đồng mua bán giữa tổ chức nước ngoài đặt gia công bán cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam, hàng hoá nhập khẩu để gia công thực tế đã tiêu huỷ và đảm bảo chính sách ưu đãi miễn thuế đúng đối tượng, cần xem xét sửa đổi, bổ sung quy định về cơ sở xác định miễn thuế đối với NL, VT, LK nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ tại điểm c khoản 2 Điều 10 như sau:
 Hàng hóa nhập khẩu để gia công nếu xuất khẩu trả cho bên nước ngoài đặt gia công được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu. Phế liệu, phế phẩm tạo ra trong quá trình gia công, sản xuất sản phẩm nếu xuất khẩu trả cho bên nước ngoài đặt gia công được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Hàng hóa nhập khẩu để gia công hoặc sản phẩm gia công được phép tiêu hủy và thực tế đã tiêu hủy theo quy định pháp luật hải quan được miễn thuế nhập khẩu.
Số lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm sử dụng để gia công sản phẩm nhưng không xuất khẩu hoặc nguyên liệu, vật tư, linh kiện dư thừa không xuất khẩu phải đăng ký tờ khai hải quan mới và kê khai nộp thuế với cơ quan hải quan theo mức thuế suất và trị giá tính thuế của nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới trừ trường hợp làm quà biếu quà tặng theo quy định tại Điều 8 Nghị định 134.
d) Về cơ sở xác định miễn thuế đối với phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức thực tế sản xuất chuyển tiêu thụ nội địa tại khoản 4 Điều 10:
-Tại Khoản 4 Điều 10 NĐ 134 quy định: phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công khi tiêu thụ nội địa được miễn thuế không quá 3% tổng lượng của từng nguyên liệu, vật tư thực nhập khẩu theo hợp đồng gia công.
Trong quá trình thực hiện, có ý kiến cho rằng tỷ lệ 3% chỉ áp dụng cho nguyên liệu, vật tư dư thừa, không áp dụng cho phế liệu, phế phẩm. Có ý kiến cho rằng tỷ lệ 3% áp dụng cho cả nguyên liệu, vật tư dư thừa và phế liệu, phế phẩm tuy nhiên, việc áp dụng chung tỷ lệ miễn thuế 3% cho tất cả các ngành sản xuất là không phù hợp với thực tế. Tại Chỉ thị số 25/CT-TTg giao Bộ Tài chính xem xét đề xuất sửa đổi theo hướng miễn thuế đối với phế liệu, phế phẩm từ nguồn nhập khẩu dư thừa sau sản xuất hàng xuất khẩu, trên cơ sở bình đẳng giữa loại hình sản xuất hàng xuất khẩu và loại hình gia công. Vì vậy, để minh bạch trong thực hiện, cần sửa đổi, bổ sung khoản 4 Điều 10 theo hướng bỏ quy định tỷ lệ 3% miễn thuế đối với phế liệu, phế phẩm, nguyên vật liệu dư thừa và quy định rõ:
Phế liệu, phế phẩm tạo thành trong quá trình gia công khi chuyển tiêu thụ nội địa được miễn thuế nhập khẩu, phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có) cho cơ quan hải quan theo thuế suất và trị giá tính thuế của phế liệu, phế phẩm theo mẫu số 15 tại Phụ lục VII Nghị định 134. Trị giá tính thuế là giá thực tế đã thanh toán hay sẽ phải thanh toán được xác định tại thời điểm chuyển tiêu thụ nội địa. Người nộp thuế được lựa chọn kê khai theo từng lần chuyển tiêu thụ nội địa hoặc kê khai tổng số lượng chuyển tiêu thụ nội địa theo tháng cho cơ quan hải quan chậm nhất vào ngày thứ 10 của tháng kế tiếp. Trường hợp kê khai theo tháng, người nộp thuế có văn bản thông báo cho cơ quan hải quan về việc lựa chọn hình thức kê khai phế liệu, phế phẩm thuộc hợp đồng gia công theo tháng trước khi chuyển tiêu thụ nội địa.
Trường hợp người nộp thuế sử dụng phế liệu, phế phẩm để tái chế, sản xuất ra sản phẩm mới xuất khẩu thì khi xuất khẩu sản phẩm mới được miễn thuế xuất khẩu. Trường hợp sản phẩm mới được tái chế, sản xuất từ phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư trong nước có thuế xuất khẩu thì khi làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm mới, người nộp thuế phải kê khai, nộp thuế xuất khẩu đối với phần trị giá nguyên liệu, vật tư trong nước cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu theo mức thuế suất của nguyên liệu, vật tư.
2.4. Về phạm vi hàng hoá nhập khẩu được miễn để sản xuất hàng hoá xuất khẩu tại Điều 12.
- Khoản 1 Điều 12 NĐ134 quy định miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu để sản xuất xuất gồm nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm; sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn, lắp ráp vào sản phẩm XK hoặc đóng chung thành mặt hàng đồng bộ với sản phẩm XK; linh kiện, phụ tùng nhập khẩu để bảo hành cho sản phẩm xuất khẩu, hàng mẫu.
­- Trong quá trình thực hiện đã phát sinh vướng mắc đối với nguyên liệu, vật tư, kinh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu nhưng phải tiêu huỷ và thực tế đã tiêu huỷ (có ý kiến cho rằng, hàng hoá bị tiêu huỷ là thay đổi mục đích sử dụng nên phải kê khai nộp thuế, có ý kiến cho rằng hàng hoá bị tiêu huỷ không tiêu dùng tại Việt Nam nên không phải là thay đổi mục đích sử dụng nên được miễn thuế). Đối với sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn, lắp ráp vào sản phẩm XK hoặc đóng chung thành mặt hàng đồng bộ với sản phẩm XK thì được miễn thuế nhưng nếu sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để đóng gói, dán nhãn rồi xuất khẩu thì không được miễn thuế do tại NĐ 134 chưa có quy định hình thức đóng gói, dán nhãn.
Vì vậy, để minh bạch về chính sách miễn thuế và thống nhất với quy định về nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu được miễn thuế theo quy định tại Điều 10, cần sửa đổi, bổ sung điểm b và đ khoản 1 Điều 12 như sau:
”b) Sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để đóng gói, dán nhãn hoặc gắn, lắp ráp vào sản phẩm xuất khẩu hoặc đóng chung thành mặt hàng đồng bộ với sản phẩm xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu.
đ) Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu được phép tiêu hủy và thực tế đã tiêu huỷ được miễn thuế nhập khẩu.”
2.5.  Về cơ sở xác định miễn thuế tại Điều 14 ( khoản 6)   
- Tại Điều 14 NĐ 134 quy định hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định cho dự án của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư được miễn thuế nhập khẩu nhưng chưa có quy định về việc loại trừ áp dụng ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư khai thác khoáng sản; sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ sản xuất ô tô như quy định của pháp luật đầu tư^[5] và chưa có quy định về căn cứ xác định các tiêu chí ưu đãi đầu tư và thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với các đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư.
- Vướng mắc phát sinh: Trước ngày 1/9/2016, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 83/2016/TT-BTC ngày 17/6/2016 hướng dẫn thực hiện ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật đầu tư và Nghị định số 118/2015/NĐ-CP và tại Điều 5 Thông tư số 83/2016/TT-BTC hướng dẫn về chính sách thuế XNK căn cứ pháp luật đầu tư và pháp luật thuế XNK có hiệu lực trong giai đoạn trước ngày 1/9/2016. Tại Thông tư số 83/2016/TT-BTC đã hướng dẫn “không áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu đối với dự án đầu tư khai thác khoáng sản; sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ sản xuất ô tô” theo nguyên tắc của pháp luật đầu tư và quy định cụ thể cơ sở thực hiện ưu đãi miễn thuế và hồ sơ thủ tục miễn thuế đối với 03 đối tượng ưu đãi đầu tư là: (i) dự án đầu tư có quy mô vốn 6.000 tỷ đồng trở lên thực hiện giải ngân tối thiểu 6.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc kể từ ngày được quyết định chủ trương đầu tư; (ii) Dự án đầu tư tại vùng nông thôn sử dụng từ 500 lao động trở lên (không bao gồm lao động làm việc không trọn thời gian và lao động có hợp đồng lao động dưới 12 tháng); (iii) Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp KHCN, tổ chức khoa học và công nghệ.
Theo nguyên tắc áp dụng pháp luật, trường hợp quy định về cùng một vấn đề thì áp dụng quy định tại văn bản có tính pháp lý cao hơn vì vậy, từ ngày 01/9/2016 trở đi, chính sách ưu đãi miễn thuế đối với đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư thực hiện thống nhất theo quy định tại Luật thuế XNK số 107/2016/QH13 và NĐ 134. Tuy nhiên, tại NĐ 134 không có các quy định như nội dung đã hướng dẫn tại TT số 83/2016/TT-BTC nêu trên vì vậy, cần thiết phải bổ sung quy định về cơ sở xác định miễn thuế tại khoản 6 Điều 14 (cơ bản giữ như nội dung đã hướng dẫn tại Điều 5 TT số 83/2016/TT-BTC) để bảo đảm tính thống nhất giữa pháp luật thuế xuất nhập khẩu và pháp luật đầu tư.
2.6. Về đối tượng được miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất hàng hóa trong thời hạn 05 năm tại Điều 15 (khoản 1):
- Khoản 1 Điều 15 NĐ 134 quy định nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất của dự án đầu tư thuộc danh mục ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư được miễn thuế trong thời hạn 05 năm.
- Theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP thì dự án đầu tư thuộc ngành nghề ưu đãi đầu tư thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn và dự án đầu tư có quy mô vốn 6.000 tỷ đồng trở lên được áp dụng ưu đãi như dự án đầu tư vào địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn. Tuy nhiên tại NĐ 134 chưa có quy định miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được trong 05 năm đối với 02 dự án đầu tư theo nguyên tắc nêu trên.
Để thống nhất với nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư theo pháp luật đầu tư, tại dự thảo NĐ đã bổ sung 02 đối tượng này vào khoản 1 Điều 15 như sau: Dự án có quy mô vốn từ 6.000 tỷ đồng trở lên và Dự án đầu tư thuộc ngành nghề ưu đãi đầu tư thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn được miễn thuế nhập khẩu trong 05 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất của dự án.
2.7. Về chính sách miễn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp đặc biệt khác theo thẩm quyền của TTgCP tại Điều 28
- Khoản 1 Điều 28 NĐ134 quy định TTgCP có thẩm quyền miễn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp đặc biệt. Trong giai đoạn trước ngày 1/9/2016, TTgCP đã miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với một số trường hợp đặc biệt trong đó có 03 trường hợp là (1) Miễn thuế xuất khẩu đối với mặt hàng trầm hương được sản xuất từ cây Dó bầu trồng; (2) Miễn thuế xuất khẩu đối với mặt hàng da trăn có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản; (3) Miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nông sản chưa qua chế biến do các doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân Việt Nam hỗ trợ đầu tư, trồng (bằng các hình thức như: bỏ vốn, trực tiếp trồng hoặc đầu tư bằng tiền, hiện vật) tại các tỉnh của Campuchia giáp biên giới Việt Nam nhập khẩu về Việt Nam.  Đây là các trường hợp miễn thuế theo thẩm quyền của TTgCP căn cứ quy định của Luật thuế XNK số 45/2005/QH11.
Sau khi Luật thuế XNK số 107/2016/QH13 thay thế Luật số 45/2005/QH11, Bộ Tài chính đã có công văn số 799/BTC-CST ngày 6/7/2018 báo cáo TTgCP đề nghị cho phép tiếp tục thực hiện chính sách miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với 03 trường hợp nêu trên (TTgCP đã có đồng ý tại công văn số 2108/VPCP-KTTH ngày 23/7/2018) và đã có công văn số 7836/BTC-CST ngày 29/6/2018 gửi xin ý kiến các Bộ ngành, UBND các tỉnh có liên quan về dự thảo Quyết định của TTgCP quy định miễn thuế đối với 03 trường hợp nêu trên.
Trên cơ sở ý kiến nhất trí của các đơn vị về việc tiếp tục chính sách miễn thuế đối với 03 trường hợp nêu trên,  Bộ Tài chính trình Chính phủ bổ sung 03 trường hợp miễn thuế theo thẩm quyền của TTgCP vào dự thảo NĐ vì chính sách miễn thuế đối với 03 trường hợp này đã thực hiện ổn định trong thời gian dài và để phù hợp với thẩm quyền mà Luật số 107/2016/QH13 giao cho Chính phủ đồng thời đảm bảo thực hiện thống nhất, đồng bộ về hồ sơ, thủ tục miễn thuế của các trường hợp miễn thuế khác đang được quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.Vì vậy, cần thiết phải bổ sung thêm nội dung chính sách miễn thuế XK, NK và hồ sơ, thủ tục miễn thuế đặc thù đối với 03 trường hợp này.
3. Hạn chế, bất cập liên quan đến thủ tục miễn thuế, không thu thuế
3.1. Về thủ tục miễn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu miễn thuế của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ tại Điều 5 (khoản 4,7,8):
a) Về thẩm quyền quyết định miễn thuế trong trường hợp Điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận giữa Chính phủ Việt Nam với tổ chức quốc tế không quy định cụ thể về chủng loại.
Tại khoản 4 Điều 5 NĐ 134 đang quy định về thẩm quyền quyết định miễn thuế trong trường hợp Điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận giữa Chính phủ Việt Nam với tổ chức quốc tế không quy định cụ thể về chủng loại, định lượng như sau:
“4. Trường hợp điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận giữa Chính phủ Việt Nam với tổ chức phi Chính phủ nước ngoài quy định tại điểm c, điểm d khoản 1 Điều này có quy định miễn thuế nhưng không quy định cụ thể về chủng loại và định lượng, Bộ Tài chính thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định chủng loại và định lượng hàng hóa miễn thuế.
Chủng loại và định lượng hàng hóa miễn thuế quy định tại khoản này không vượt quá danh mục và định lượng hàng hóa miễn thuế quy định tại Phụ lục I, Phụ lục II, Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định này.”
Khoản 1 Điều 29 quy định Trường hợp điều ước quốc tế không quy định cụ thể chủng loại, định lượng miễn thuế thì Bộ Tài chính thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định chủng loại và định lượng hàng hóa miễn thuế. Tại dự thảo NĐ đã bổ sung Điều 29a về miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu theo Điều ước quốc tế và sửa đổi theo hướng cơ quan đề xuất ký Điều ước quốc tế hoặc cơ quan chủ quản dự án đối với Điều ước quốc tế về ODA hoặc cơ quan quản lý chuyên ngành xác nhận Danh mục miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp Điều ước quốc tế không quy định cụ thể chủng loại, định lượng miễn thuế (thay vì giao Bộ Tài chính thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo TTCP quyết định như quy định tại khoản 1 Điều 29 NĐ 134).
Do khoản 4 Điều 5 quy định tương tự khoản 1 Điều 29 về thẩm quyền xác định chủng loại, định lượng hàng hóa miễn thuế là Thủ tướng Chính phủ trong trường hợp Điều ước quốc tế hoặc Thỏa thuận giữa Chính phủ Việt Nam với tổ chức phi chính phủ nước ngoài không quy định rõ chủng loại, định lượng. Do vậy, để thống nhất với quy định tại Điều 29a, tại dự thảo NĐ sửa đổi khoản 4 Điều 5 tương tự Điều 29a về thẩm quyền theo hướng: Bộ Ngoại giao xác nhận chủng loại, định lượng hàng hóa miễn thuế (thay vì Thủ tướng Chính phủ). Việc giao Bộ Ngoại giao xác nhận là phù hợp vì đây là cơ quan đầu mối quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài (theo Điều 24 Nghị định 12/2012/NĐ-CP ngày 1/3/2012 về đăng ký và quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài tại Việt Nam). Việc quy định Bộ Ngoại giao xác nhận sẽ góp phần giảm thiểu thủ tục hành chính do không phải báo cáo Thủ tướng CP để xác định danh mục miễn thuế. Cụ thể nội dung sửa đổi khoản 4 Điều 5 như sau: “4. Trường hợp điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận quy định tại điểm c, d khoản 1 Điều này có quy định miễn thuế nhưng không quy định cụ thể về chủng loại và định lượng, Bộ Ngoại giao quyết định chủng loại, định lượng hàng hóa miễn thuế. ”
Đồng thời bổ sung hồ sơ, quy trình, thủ tục xác nhận của Bộ Ngoại Giao tại khoản 6, 7 Điều 5.
b) Về quy định thủ tục cấp Sổ định mức miễn thuế
Khoản 8 Điều 5 NĐ 134 quy định thủ tục cấp Sổ định mức miễn thuế (hàng hóa của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ được miễn thuế căn cứ định lượng và được theo dõi trên Sổ định mức miễn thuế).
Vướng mắc phát sinh: Do tại NĐ 134 chưa quy định cụ thể mẫu Sổ định mức và thủ tục miễn thuế tại Điều 31 là các quy định chung áp dụng cho dự án đầu tư nên không phù hợp với đặc thù của đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ vì vậy, trong quá trình thực hiện đã phát sinh vướng mắc.
Để giải quyết vướng mắc trên, dự thảo NĐ đã bổ sung tại khoản 8 Điều 5 (bao gồm trình tự, mẫu văn bản đề nghị miễn thuế,  văn bản xác nhận định lượng nhập khẩu miễn thuế của Bộ Ngoại giao); bổ sung 03 mẫu sổ định mức cho 03 đối tượng là tổ chức ngoại giao, viên chức ngoại giao và nhân viên kỹ thuật tại Khoản 8 Điều 5 và Phụ lục VII kèm theo NĐ. 
3.2. Về thủ tục miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh quốc phòng (điểm b khoản 4 Điều 20)
- Tại khoản 4 Điều 20 quy định thủ tục miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan (điểm a) và thủ tục miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan (tại điểm b) với thời hạn nộp hồ sơ đề nghị miễn thuế chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng. Theo đó, trong thực tế hàng hoá nhập khẩu phục vụ an ninh, quốc phòng đều thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 20. Thực tế thực hiện cho thấy số lượng hồ sơ miễn thuế nộp chậm so với quy định từ vài tháng đến nửa năm dẫn đến phát sinh tiền nợ thuế ảo rất lớn trên hệ thống theo dõi nợ thuế, phát sinh chi phí quản lý và theo dõi số nợ thuế phát sinh của cơ quan hải quan, có phát sinh gian lận đề nghị miễn thuế với số tiền cao hơn số thuế được miễn theo quy định.
Việc quy định thủ tục miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan chưa phù hợp với quy định Luật quản lý thuế (khoản 1 Điều 63 quy định việc nộp và tiếp nhận hồ sơ miễn thuế thực hiện đồng thời với việc khai, nộp và tiếp nhận hồ sơ khai thuế  và tại điểm a khoản 4 Điều 32 quy định đối với hàng hoá nhập khẩu, hồ sơ khai thuế được nộp trước ngày hàng hoá đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu). Theo đó, cần quy định bãi bỏ toàn bộ điểm b khoản 4 Điều 20 NĐ 134 để bảo đảm phù hợp với quy định của luật quản lý thuế.
3.3. Về thủ tục miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo Điều ước quốc tế trong trường hợp Điều ước quốc tế không quy định cụ thể chủng loại, số lượng hàng hoá miễn thuế (Bổ sung Điều 29 a)
- Khoản 1 Điều 29 NĐ134 quy định miễn thuế theo số lượng, chủng loại, trị giá hàng hóa quy định tại Điều ước quốc tế và giao Bộ Tài chính thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo TTgCP quyết định số lượng, chủng loại miễn thuế nếu Điều ước quốc tế không quy định cụ thể nội dung này.
- Để bảo đảm miễn thuế đúng đối tượng, ngoài việc xin ý kiến Bộ Ngoại giao thì Bộ Tài chính còn phải xin ý kiến thẩm định của các Bộ chuyên ngành. Việc phải xin ý kiến nhiều lần qua nhiều nơi đã làm tăng thủ tục hành chính, kéo dài thời gian giải quyết miễn thuế, ảnh hưởng tiến độ dự án. Để giải quyết vướng mắc, giảm thủ tục hành chính, dự thảo NĐ đã bổ sung thêm Điều 29a quy định giao trách nhiệm cho cơ quan quản lý chuyên ngành hoặc cơ quan đề xuất ký Điều ước quốc tế hoặc cơ quan chủ quản dự án đối với Điều ước quốc tế về ODA xác nhận danh mục miễn thuế, cơ quan hải quan căn cứ danh mục đã được xác nhận về chủng loại, định lượng hàng hoá miễn thuế. Đồng thời, quy định cụ thể về trình tự thủ tục, hồ sơ thông báo danh mục miễn thuế để thuận lợi trong thực hiện.
3.4. Về thủ tục về thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu tại Điều 30 (khoản 3, 7)
a) Về hồ sơ thông báo Danh mục miễn thuế:
Khoản 3 Điều 30 quy định về việc thực hiện thông báo Danh mục miễn thuế bằng giấy trong trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử gặp sự cố.
Vướng mắc phát sinh: Tại NĐ 134 chưa có quy định xử lý thế nào trong trường hợp nhập khẩu máy móc, thiết bị theo nhiều chuyến không thực hiện trừ lùi được số lượng tại thời điểm nhập khẩu và cũng chưa có quy định cụ thể về thành phần hồ sơ miễn thuế đối với các dự án thuộc diện quyết định chủ trương đầu tư, dự án chế tạo máy móc thiết bị, linh kiện. Theo đó, tại dự thảo NĐ đã bổ sung quy định: Trường hợp nhập khẩu miễn thuế máy móc, thiết bị  phải nhập khẩu làm nhiều chuyến, không trừ lùi được số lượng tại thời điểm nhập khẩu (sau đây gọi là tổ hợp, dây chuyền), chủ dự án thông báo Danh mục miễn thuế bằng giấy theo Mẫu số 06 Phụ lục VII Nghị định này gồm 02 bản chính. Đồng thời, bổ sung một số thành phần hồ sơ miễn thuế cho phù hợp thực tiễn gồm văn bản quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư (đối với dự án được quyết định chủ trường đầu tư); hợp đồng chế tạo thiết bị, máy móc, linh kiện (đối với dự án chế tạo).
b) Về trách nhiệm của chủ dự án: điểm đ khoản 7 Điều 30 NĐ có quy định cụ thể về trách nhiệm của chủ dự án tuy nhiên, do tại dự thảo NĐ đã bổ sung Điều mới (Điều 31 a) quy định cụ thể về việc báo cáo, kiểm tra việc sử dụng hàng hoá miễn thuế nhập khẩu nên tại điểm đ khoản 7 đã sửa đổi quy định trách nhiệm của chủ dự án thực hiện theo Điều 31a để thực hiện thống nhất.
3.5. Về Hồ sơ, thủ tục miễn thuế khi làm thủ tục hải quan tại Điều 31
a) Về thủ tục miễn thuế: Điểm c khoản 3 Điều 31 quy định về trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyển phải nhập khẩu làm nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp, thành dây chuyền hoàn chỉnh không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hoá tại thời điểm nhập khẩu thì trong thời hạn 15 ngày kể từ khi kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm tổng hợp các tờ khai đã nhập khẩu và quyết toán với cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật quản lý thuế.
Thực tế thực hiện đã phát sinh vướng mắc do doanh nghiệp không kê khai chi tiết hàng hóa đã nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền do làm thủ tục nhập khẩu nhiều nơi và cơ quan hải quan không có cơ sở tổng hợp hàng hóa đã nhập khẩu theo tổ hợp dây chuyền.
Vì vậy, để thuận lợi trong quản lý tại dự thảo NĐ đã sửa đổi, bổ sung điểm c khoản 3 quy định Hàng hóa NK theo tổ hợp dây chuyền phải NK tại chi cục hải quan nơi quản lý địa bàn lắp đặt tổ hợp, dây chuyền và khi nhập khẩu, DN phải kê khai chi tiết các dòng hàng trên tờ khai hoặc phải lập bảng kê chi tiết đính kèm theo tờ khai.
b) Thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với các trường hợp đặc thù: Trong quá trình thực hiện đã phát sinh vướng mắc trong thủ tục miễn thuế đối với một số trường hợp như: đối tượng ưu đãi đầu tư được miễn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định nhưng không nhập khẩu mà được phép tiếp nhận hàng hoá đã được miễn thuế từ tổ chức, cá nhận khác chuyển nhượng; tổ chức, cá nhân nhập khẩu uỷ thác hoặc trúng thầu nhập khẩu hàng hoá để cung cấp cho đối tượng ưu đãi đầu tư; Hàng hoá nhập khẩu để tạo TSCĐ đã miễn thuế nhưng chủ dự án chuyển nhượng toàn bộ dự án hoặc một phần dự án cho tổ chức cá nhân khác; Hàng hoá nhập khẩu tạo TSCĐ đã miễn thuế được chuyển sang sử dụng cho dự án ưu đãi khác cùng chủ dự án và trường hợp công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hoá để cung cấp cho đối tượng được ưu đãi miễn thuế. Theo đó, để thuận lợi trong thực hiện, tại dự thảo NĐ đã bổ sung quy định: tổ chức, cá nhân tiếp nhận hàng hoá chuyển nhượng thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới và được xử lý miễn thuế với điều kiện giá chuyển nhượng không bao gồm thuế nhập khẩu; thực hiện thông báo danh mục miễn thuế đối với trường hợp nhận chuyển nhượng dự án. Tổ chức, cá nhân chuyển nhượng hàng hoá không phải nộp lại số thuế đã được miễn.
Ngoài ra trong quá trình thực hiện cũng phát sinh vướng mắc đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc các trường hợp miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại Điều 16 Luật thuế xuất nhập khẩu buộc phải tiêu hủy và thực tế đã tiêu huỷ theo quy định của pháp luật được miễn thuế nhập khẩu (ví dụ hàng hóa nhập khẩu tạo tạo tài sản cố định của dự án thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư tại Điều 14, 15, hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí tại Điều 16  đã được miễn thuế nhưng sau đó phải tiêu huỷ và thực tế đã tiêu huỷ). Có ý kiến cho rằng hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế là để cho mục đích tạo tài sản cố định nhưng nay tiêu huỷ là thay đổi mục đích sử dụng vì vậy, phải truy thu lại số tiền thuế đã miễn. Do bản chất hàng hoá nhập khẩu miễn thuế bị tiêu huỷ không phải là thay đổi mục đích miễn thuế, hàng hoá không tiêu thụ tại Việt Nam nên nếu thu thuế là không đúng bản chất kinh tế (trước ngày 1/9/2014, Bộ Tài chính đã có một số công văn trả lời: các trường hàng hoá nhập khẩu bị tiêu huỷ được xác định là không phải thay đổi mục đích sử dụng và được miễn thuế nhập khẩu).
3.6. Về thủ tục hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất tại Điều 34
- Tại điểm a khoản 1 Điều 34 quy định hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan. Trong quá trình thực hiện đã phát sinh vướng mắc về cách hiểu cụm từ “tái xuất”, có ý kiến cho rằng tái xuất là phải xuất trả lại cho chủ hàng nước ngoài nên các trường hợp tái xuất cho người khác ở nước ngoài hoặc xuất khẩu sang nước thứ ba đều không được hoàn thuế. Để tránh tiếp tục phát sinh vướng mắc, tại điểm a khoản 1 Điều 34 đã được sửa đổi, bổ sung như sau: a) Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất ra nước ngoài bao gồm xuất khẩu trả lại chủ hàng, xuất khẩu hàng hóa đã nhập khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan. Quy định này là phù hợp với quy định tại Luật thuế XNK.
- Về hồ sơ hoàn thuế: Điểm b khoản 2 quy định hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan gồm: Hoá đơn giá trị gia tăng hoặc hoá đơn bán hàng theo quy định của pháp luật về hoá đơn đối với trường hợp quy định tại điểm a, điểm c khoản 1 Điều này.
Quy định này đã phát sinh vướng mắc do hàng hoá xuất khẩu không có hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng mà chỉ có hoá đơn thương mại (theo quy định của pháp luật thuế GTGT) do vậy, tại dự thảo NĐ đã bổ sung thêm cụm từ “Hoá đơn thương mại” vào điểm b khoản 2 Điều 34 như sau: “ 2. Hồ sơ hoàn thuế: b) Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng hoặc hoá đơn thương mại theo quy định của pháp luật về hóa đơn” để phù hợp với pháp luật về thuế GTGT.
3.7. Về thủ tục hồ sơ không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Điều 37 a)
Tại các Điều 33 đến Điều 37 NĐ 134 quy định trường hợp hàng hóa thuộc diện được hoàn thuế nhưng chưa nộp thuế hoặc không phải nộp thuế thực hiện hồ sơ, thủ tục không thu thuế như hồ sơ, thủ tục hoàn thuế.
Quy định trên đã phát sinh vướng mắc khi thực hiện do thành phần hồ sơ cũng như trình tự thủ tục hoàn thuế quy định cho hàng hoá đã thông quan nên một số thành phần hồ sơ sẽ không có đối với hàng hoá thuộc diện không thu thuế khi làm thủ tục hải quan và trình tự thủ tục không thu thuế cũng được thực hiện ngay khi làm thủ tục hải quan do vậy, để thuận lợi cho doanh nghiệp, cần thiết phải bổ sung một điều mới để quy định cụ thể về hồ sơ và thủ tục tiếp nhận, xử lý hồ sơ không thu thuế tương ứng với các trường hợp quy định từ Điều 33 đến Điều 37.
 
DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO

---